Die Aufgaben des Wasserstraßenbaus und des Hochwasserschutzes wurden 1999 von der RMD AG in die RMD Wasserstraßen GmbH ausgegliedert.

Die RMD Wasserstraßen GmbH ist eine 100-prozentige Tochtergesellschaft der Rhein-Main-Donau AG. Im Auftrag und auf Kosten der Bundesrepublik Deutschland und des Freistaates Bayern ist sie u.a. zuständig für den Donauausbau zwischen Straubing und Vilshofen sowie für die Herstellung eines verbesserten Hochwasserschutzes auf dieser Strecke.